Realizátoři projektů přímo s platebním a certifikačním orgánem nekomunikují, nicméně platby dostávají prostřednictvím Zprostředkujícího subjektu, příp. Řídícího orgánu přímo ze státního rozpočtu, který projekty předfinancovává. Následně PCO žádá EK o převedení prostředků z rozpočtu EU.
Platební a certifikační orgán – Národní fond
Národní fond Ministerstva financí je centrálním orgánem, který zajišťuje tok prostředků z fondů EU do České republiky.
