Je zaměřen na spolupráci mezi veřejnými orgány a institucemi s charakterem veřejných orgánů s cílem výměny a přenosu zkušeností především v oblastech inovací, dopravní dostupnosti, životního prostředí a zvyšování atraktivity měst a regionů.
Pro OP Nadnárodní spolupráce je z fondů EU vyčleněno 37,46 mil. €, což činí přibližně 0,14 % veškerých prostředků určených z fondů EU pro Českou republiku.
