Zadávání veřejných zakázech v IOP se v rámci projektů předložených v rámci výzev, které byly vyhlášeny před 1.únorem 2009 řídí zákonem č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách a interními předpisy zadavatele.
Zadávání veřejných zakázech v IOP se v rámci projektů předložených v rámci výzev, které byly vyhlášeny po 1.únoru 2009 řídí zákonem č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách a Závaznými postupy pro zadávání zakázek spolufinancovaných ze zdrojů EU, nespadajících pod aplikaci zákona č. 137/2006 Sb., o veřejných zakázkách, v programovém období 2007-2013.
